Sous l’impulsion de Samuel Coquard, son directeur nommé en 2002, la Maîtrise des Bouches-du-Rhône se transforme en un vrai pôle d’art vocal professionnel de haut niveau composé d’un dispositif vocal original réparti en un chœur préparatoire, un chœur probatoire, un chœur maîtrisien et un jeune chœur créé en 2003, regroupant au total 90 enfants. En 2004, le chœur de chambre Asmarã est créé, composé de chanteurs adultes professionnels qui ouvriront ainsi le répertoire à la polyphonie en chœur mixte. La Maîtrise, aujourd’hui ancrée dans le paysage professionnel, est très sollicitée pour participer à différentes formes musicales et artistiques de productions de très haut niveau. La Maîtrise participe aux productions lyriques des Opéras de Marseille (Louise de Charpentier, La Bohème de Puccini, Carmen de Bizet, Die Zauberflöte de Mozart, Tosca et Turandot de Puccini), à Avignon dans le Requiem de Mozart, à Vichy dans Die Zauberflöte, aux Chorégies d’Orange (Carmen sous la direction de Maestro Chung, La Bohème avec Roberto Alagna et Angela Georghiu, Carmina Burana sous la direction de Michel Plasson, la IXème symphonie de Beethoven avec l’Orchestre National de France sous la direction de Kurt Masur)... La Maîtrise est également invitée par les plus grands festivals et scènes musicales françaises et internationales comme : Festival d’art lyrique d’Aix-en- Provence, Conques, Rocamadour, Roquevaire, Montpellier, La Chaise-Dieu, Le Grand Théâtre de Provence, Festival international de chœurs d’enfants en Vendée... La Maîtrise est une structure de formation spécialisée, publique, qui reçoit les aides des collectivités territoriales de la Ville de Marseille, de la Région PACA, du Ministère de la Culture, et a comme partenaire principal le soutien fidèle du Conseil départemental des Bouches-du-Rhône.

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La Maîtrise a enregistré en 2007 sous le label Solstice, un premier disque consacré à l’œuvre vocale sacrée de Jean Langlais, récompensé par 5 Diapasons et 4 Etoiles au Monde de la Musique et en 2009 un second disque sur Rachmaninov, Rheinberger et Dvorak pour chœur et piano avec Magali Frandon. En 2012, sous son propre label Parsiphonie, la Maîtrise enregistre un disque romantique avec les Lieder und Gesänge de Gustav Mahler et les Duetti opus 39 de Mendelssohn. 2013, la Maîtrise grave un répertoire de Noël à l’occasion du 100 ème anniversaire de la naissance de Benjamin Britten avec la célèbre Ceremony of Carols pour chœur et harpe.

La Maîtrise a participé en 2014, aux productions de Carmina Burana de Carl Orff et d’Otello de Verdi aux Chorégies d’Orange. On retrouve également la Maîtrise pour l’ouverture de la saison de l’Opéra de Marseille dans la Gioconda et en 2015 dans Tosca. En 2016, la Maîtrise a chanté la 7ème Symphonie de Mahler avec l’Orchestre du festival de Budapest lors du festival de Pâques au Grand Théâtre de Provence sous la direction du Maestro Ivan Fischer et a participé à la 5ème édition de Musiques en Fête aux Chorégies d’Orange, émission de culture retransmise sur France 3.